La journée utilisateur GRICAD 2021 aura lieu le 30 novembre 2021, à l'auditorium du bâtiment IMAG. Comme tous les ans, ce sera l'occasion d'échanger entre l'UAR GRICAD et les utilisateurs de ces services, en présentant tout d'abord les activités passées et à venir autour des services de l'unité mais aussi d'exposer des exemples de travaux scientifiques réalisés avec l'aide de ces derniers. 

Si vous comptez assister à la journée, merci de bien vouloir vous inscrire sur ce site, afin que nous puissions dimensionner raisonnablement les pauses café. La participation est gratuite. Pour des raisons sanitaires, nous ne pourrons malheureusement pas proposer un repas le midi. 

Programme

L'ensemble des vidéos capturées lors de la journée et diffusables sont disponibles à cette adresse : 

 https://videos.univ-grenoble-alpes.fr/recherche/journee-utilisateurs-gricad-2021/

Les supports de présentations disponibles sont accessibles en cliquant sur les titres de présentation. 

8H30 - Accueil

9H00 - Bilan 2020-2021 & perspectives GRICAD, Pierre-Antoine Bouttier

9h45 - Cellule Data Grenoble Alpes - Accompagnement à la gestion des données de recherche pour le site Grenoble Alpes,  Lucie Albaret, Alexis Arnaud et Violaine Louvet 

La Cellule Data réalise un accompagnement à la gestion des données de recherche tout au long du cycle de vie des données, de leur création à leur diffusion, en passant bien évidemment par leur stockage. L’an dernier, la Cellule data a accompagné une dizaine de projets de recherche, principalement sur la question de la rédaction de plans de gestion des données et le partage de données au cours du projet. Suite à ces échanges, un guide de bonnes pratiques à destination des porteurs de projet a été initialisé et doit couvrir la gestion des données et des publications tout au long d’un projet de recherche. La Cellule Data s’investie également dans les actions de la science ouverte portée par l’UGA, notammant via le baromètre science ouverte et le futur site web UGA sur la science ouverteA. La Cellule Data a également réalisé une formation doctorale sur la gestion des données en thèse, formation reconduite cette année, ainsi qu’un séminaire national sur le stockage des données en partenariat avec l’Urfist Lyon et l’Inist-CNRS. Enfin, la Cellule Data anime un réseau de référents données à travers les laboratoires du site Grenoble Alpes. Le détail de ces actions sera présenté lors des JUG.

10H15 - Pause café

10H45 - Un cahier de laboratoire électronique pour tous !, Jean-Luc Parouty

Favorisant le partage, les échanges et la traçabilité de nos travaux scientifiques, le cahier de laboratoire électronique est une avancée objective à nos antiques cahiers en papier. Basé sur la solution libre eLabFTW et porté par le laboratoire SIMaP et GRICAD, nous avons le plaisir de vous présenter le projet CAOLILA (CAhier de laboratoire, Ouvert et LIbre à destination des LAboratoire)

11h15 -jupyterhub et binderhub : le futur des services de notebook Gricad, Jérémy Dubois-Chabert

Durant cette session, nous ferons tout d'abord un retour sur l'utilisation de jupyterhub.univ-grenoble-alpes.fr depuis sa mise en service, puis nous présenterons son évolution prochaine.
Dans une seconde partie, nous vous parlerons de binderhub qui devrait bientôt être disponible pour la communauté Grenobloise, le service et ses usages.

11H45 - Questions à GRICAD

12H15 - Fin de la matinée 

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14H00 - Étude Phylogénomique de l’ensemble de la Flore Alpine, Charles Pouchon

Les régions froides du globe comme les régions arctiques et alpines, ainsi que les espèces qui y habitent, sont particulièrement sensibles et vulnérables aux changements environnementaux globaux. Face à ces changements, les organismes ont deux solutions : migrer vers des conditions plus favorables, ou s’adapter aux nouvelles conditions. Les espèces de haute altitude, dans l’incapacité de migrer plus haut et de s’adapter face à la vitesse de ces changements, se retrouvent alors en compétition avec des espèces de plus basse altitude, migrant vers des conditions plus favorables, et ainsi plus à risque de disparaitre. Dans ce contexte, la comprehension des processus passés à l’origine de la diversité des plantes alpines et des processus actuels au niveau de son déclin est essentielle afin de mieux la préserver à travers des stratégies de conservation et pour comprendre le fonctionnement des ces écosystèmes alpins. Le projet PhyloAlps s’inscrit dans cette démarche visant à déterminer l’ensemble des processus évolutifs et écologiques ayant façonné l’intégralité de la flore alpine, représentant près de 4 500 espèces, à partir de leur séquençage et d’analyses phylogénétiques. Analyser autant de données implique cependant des enjeux bioinformatiques forts afin de retrouver des séquences conservés et alignable à cette échelle là. L’utilisation des infrastructures et des services GRICAD s’avère ainsi cruciale pour mener à bien ces recherches.

14H30 - Confinement de fluides dans des matériaux nanoporeux, Benoit Coasne

Les matériaux nanoporeux sont des solides présentant une porosité avec des tailles de pore de l’ordre du nanomètre (milliardième de mètre). De par les effets induits par le confinement très fort au sein de leur porosité, ces solides sont au cœur de nombreuses applications importantes dans notre vie de tous les jours : adsorption (détection de gaz, chromatographie), énergie (stockage de l’hydrogène, piles à combustible et batteries), environnement (séparation de phases, traitement de l’eau, stockage des déchets nucléaires), sciences de la Terre (échanges entre le sol et l’atmosphère), etc. Dans cet exposé, je présenterai nos travaux réalisés à l’Université Grenoble Alpes grâce aux moyens de calcul GRICAD sur l’impact du confinement sur la thermodynamique et la dynamique d’un fluide au sein des matériaux nanoporeux. Nous aborderons tout d’abord les différents régimes thermodynamiques rencontrés lorsqu’un fluide est mis en contact avec un matériau nanoporeux : de l’adsorption irréversible au phénomène de condensation capillaire du fluide pour les plus grands pores au remplissage réversible et continu par le fluide pour les plus petits pores. Nous verrons qu’une modélisation thermodynamique simple permet de rationaliser ces différents régimes à condition de prendre en compte une description du déplacement du point critique du fluide confiné. Ensuite, nous montrerons comment le transport dans de tels milieux nanoporeux peut être décrit sans avoir à s’appuyer sur des concepts macroscopiques tels que l’hydrodynamique. En utilisant les paramètres et coefficients accessibles expérimentalement, nous verrons comment le transport du fluide nanoconfiné peut être rigoureusement décrit à partir de modèles simples dans le cadre de la Mécanique Statistique (théorie du volume libre, mouvement brownien intermittent).

15H00 - Multiscale molecular modelling : applications to chemical reactivity and transport across cell membranes, Baptiste Leforestier

A short overview of recent molecular modelling activities in the DCM-SITh team will be presented. Our efforts have lately focused on the elucidation of the reaction mechanism of a cycloaddition between ketenes and aziridines catalyzed by lithium salts in collaboration with the SeRCO group. The intrinsically strong solvation effects make it a challenging system to model accurately, requiring the use of varied methods and softwares across the calculation clusters. 
Then, some early results concerning a Pd-catalysed cyclisation reaction will also be shown as well as a molecular mechanics study aiming to rationalize the relative permeability of fluorescent cyclopeptides across cell membranes.

15H30 - Pause café

16H00 - Optimisation de compositions de matériaux par approche combinatoire en film mince et Machine Learning Optimisation de compositions de matériaux par approche combinatoire en film mince et Machine Learning, Élise Garel

Déterminer la composition d’un matériau permettant d’optimiser ses propriétés est une problématique récurrente en science des matériaux. L’approche traditionnelle « un-échantillon-à-la-fois » est chronophage et coûteuse, particulièrement lorsque le nombre d’éléments intervenant dans la composition augmente. 
Cette étude consiste à développer une méthodologie permettant de déterminer une composition optimale en un minimum d’essais. Elle repose sur une approche expérimentale dite combinatoire, qui permet d’élaborer un très grand nombre de compositions simultanément — ici sous forme de films minces à gradients de compositions—, puis de les caractériser rapidement afin d’obtenir une base de données associant composition, structure et propriétés du matériau. Le criblage de l’espace de composition est régulier car suivant un plan de mélange. Cela permet d’uniformiser la répartition de l’erreur expérimentale sur tout l’espace, ce qui est essentiel à l’utilisation raisonnée de méthodes de Machine Learning — régression multilinéaire, SVM, Random Forrest et Réseau de Neurones — permettant d’obtenir, à partir de la base de données, des modèles prédictifs fiables liant compositions et propriétés.

16H30 - Traitement de données balistiques pour la prédiction d’altérations musculo-squelettiques, Glenn Cougoulat et Violaine Louvet

Les machines de tests balistiques force-vitesse sont une innovation pour le diagnostic médical (pas de rayons, couts réduits). Notre approche innovante en traitement du signal appliquée à ces données de tests balistiques permet de caractériser un risque résiduel des membres inférieurs chez les sportifs amateurs, les sujets sédentaires et les athlètes de haut-niveau. Un point important réside dans la gestion et le traitement des données pour des partenaires multi-sites (Marseille, Bordeaux, Grenoble), nous vous présenterons notre solution sur l’infrastructure NOVA (Cloud-Computing).

17H00 - Fin de la journée